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小雜草撬動(dòng)大科學(xué)——首個(gè)植物生命周期遺傳圖譜開啟研究新窗口
2025-09-28 17:16:26
來源:科技日?qǐng)?bào)  作者: 張夢(mèng)然

人們所知道的絕大多數(shù)關(guān)于植物的基本原理知識(shí),都是在一種你可能從未聽說過的植物——擬南芥中首次發(fā)現(xiàn)的。

擬南芥,也稱為水芹,是一種小型開花雜草,卻塑造了人們所知的大部分植物生物學(xué)。作為過去半個(gè)世紀(jì)植物研究中的代表性物種,擬南芥讓人們認(rèn)識(shí)到植物如何對(duì)光作出反應(yīng),哪些激素控制著植物的行為,為何有些植物根系深長(zhǎng)、而有些則淺而寬展。盡管擬南芥在全世界植物生物學(xué)家中“享有盛譽(yù)”,但其完整生命周期中的許多細(xì)節(jié),卻始終成謎。

如今,美國(guó)索爾克生物研究所的科學(xué)家建立了首個(gè)覆蓋擬南芥整個(gè)生命周期的遺傳圖譜,利用高精度的單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù),系統(tǒng)記錄了從一粒種子萌發(fā),到成熟植株期間40多萬個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式。

這一公開資源將為未來研究植物細(xì)胞類型、發(fā)育階段及其對(duì)環(huán)境壓力的響應(yīng)提供前所未有的信息支持。其相關(guān)成果已發(fā)表在近期《自然·植物學(xué)》雜志上,有望顯著推動(dòng)植物生物技術(shù)、農(nóng)業(yè)和環(huán)境科學(xué)的發(fā)展。

繪制植物的基因表達(dá)圖譜

在作為模式植物的幾十年間,擬南芥經(jīng)歷了無數(shù)實(shí)驗(yàn)??茖W(xué)家們持續(xù)致力于解碼其基因組,并繪制出不同組織和器官中各類細(xì)胞的基因表達(dá)圖譜。借助這些局部圖譜,人們得以逐步揭示控制植物各部位身份與功能的關(guān)鍵基因。

其中,單細(xì)胞RNA測(cè)序成為構(gòu)建細(xì)胞圖譜的核心工具。該技術(shù)不直接分析DNA,而是檢測(cè)基因組的表達(dá)產(chǎn)物——RNA分子,從而精準(zhǔn)識(shí)別哪些基因在特定細(xì)胞中被激活,以及其表達(dá)水平的高低。由于生物體所有細(xì)胞共享同一套遺傳密碼,細(xì)胞類型的區(qū)分依賴于其獨(dú)特的基因表達(dá)模式,單細(xì)胞RNA測(cè)序因此成為識(shí)別和分類細(xì)胞類型的有力手段。

然而,傳統(tǒng)方法存在明顯局限:科學(xué)家必須將組織解離為單個(gè)細(xì)胞,導(dǎo)致原本的空間結(jié)構(gòu)被破壞。這意味著雖然能獲知“有哪些細(xì)胞”,卻難以回答“它們?cè)谀膬骸币约啊叭绾谓M織”。

為突破這一瓶頸,索爾克生物研究所團(tuán)隊(duì)將單細(xì)胞RNA測(cè)序與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)相結(jié)合,實(shí)現(xiàn)了從“碎片化圖譜”向“全景式地圖”的跨越。

更先進(jìn)技術(shù)帶來更完整圖譜

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的最大優(yōu)勢(shì)在于保留了植物組織的原始結(jié)構(gòu)。科學(xué)家無需破壞細(xì)胞的空間排列,即可在整個(gè)器官甚至整株植物中,精確定位基因表達(dá)的位置。這使得他們能夠在真實(shí)的組織背景下,同時(shí)解析多種細(xì)胞類型的身份、狀態(tài)及其相互關(guān)系。

通過整合單細(xì)胞與空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),研究團(tuán)隊(duì)成功構(gòu)建了覆蓋擬南芥10個(gè)關(guān)鍵發(fā)育階段——從地下種子到開花成年植株的完整基因表達(dá)圖譜,共分析了超過40萬個(gè)細(xì)胞。這一圖譜揭示了單一生物體內(nèi)細(xì)胞類型的驚人多樣性,以及發(fā)育過程中基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)態(tài)演變。

研究論文共同第一作者、博士后研究員納塔奈利·伊洛茲-艾力亞茲表示:“你不妨想象一下,在植物真實(shí)的組織環(huán)境中,能夠同時(shí)觀察多達(dá)一千個(gè)基因的活躍位置。這不僅本身令人著迷,還直接引導(dǎo)我們發(fā)現(xiàn)了此前未知的、參與種莢發(fā)育的新基因。這些數(shù)據(jù)中,還有更多寶藏等待挖掘?!?/p>

新圖譜催生更多新發(fā)現(xiàn)

通過覆蓋整個(gè)生命周期而非單一時(shí)間點(diǎn)的觀察,科學(xué)家首次系統(tǒng)揭示了調(diào)控植物發(fā)育的復(fù)雜的動(dòng)態(tài)分子機(jī)制。他們不僅識(shí)別出大量在特定細(xì)胞類型中特異表達(dá)的新基因,還為這些基因的功能研究提供了清晰的時(shí)空線索。

這項(xiàng)研究將成為整個(gè)植物生物學(xué)領(lǐng)域產(chǎn)生新發(fā)現(xiàn)的強(qiáng)大工具。團(tuán)隊(duì)成員為此新開發(fā)了用戶友好型網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序,使全球植物科學(xué)界只需訪問網(wǎng)站,即可輕松查詢和使用這一生命周期圖譜。

團(tuán)隊(duì)成員稱,他們已迫不及待想看到它將催生哪些新的單細(xì)胞基因組研究。他們希望,這一目前可在線免費(fèi)獲取的資源,不僅能深化科學(xué)界對(duì)植物細(xì)胞發(fā)育機(jī)制的理解,還將助力解析植物如何應(yīng)對(duì)遺傳變異和環(huán)境壓力,從而全面推動(dòng)植物生物學(xué)、作物改良與生態(tài)適應(yīng)研究的未來發(fā)展。

編輯:韓夢(mèng)晨
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